Changes between Version 1 and Version 2 of cypress/ModuleCommand


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Aug 19, 2015 9:42:20 AM (6 years ago)
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cmaggio
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  • cypress/ModuleCommand

    v1 v2  
    11= Program:module =
    22
    3 ''module'' is a utility used to manage multiple compilers on a single system, as well as set environment variables for other programs and utilities.
     3'''module''' is a utility used to manage multiple compilers on a single system, as well as set environment variables for other programs and utilities.
    44
    55=== Available Modules ===
    6 The following command will list all available modules. Modules with names containing ''pgi, gnu, intel'' were built with those compilers respectively.
     6The following command will list all available modules.
     7
    78{{{
    89[tulaneID@cypress1 ~]$ module avail
     
    1617
    1718------------------------------------------------------- /cm/shared/modulefiles --------------------------------------------------------
    18 default-environment           fftw3/openmpi/open64/64/3.3.3 slurm/14.03.0
    19 fftw3/openmpi/gcc/64/3.3.3    gcc/4.8.2                     tulane/intel-psxe/2015
     19acml/gcc/64/5.3.1                      cuda60/profiler/6.0.37                 lapack/gcc/64/3.5.0
     20acml/gcc/fma4/5.3.1                    cuda60/toolkit/6.0.37                  lapack/open64/64/3.5.0
     21acml/gcc/mp/64/5.3.1                   default-environment                    mpich/ge/gcc/64/3.1
     22acml/gcc/mp/fma4/5.3.1                 fftw2/openmpi/gcc/64/double/2.1.5      mpich/ge/open64/64/3.1
     23acml/gcc-int64/64/5.3.1                fftw2/openmpi/gcc/64/float/2.1.5       mpiexec/0.84_432
     24acml/gcc-int64/fma4/5.3.1              fftw2/openmpi/open64/64/double/2.1.5   mvapich/gcc/64/1.2rc1
     25acml/gcc-int64/mp/64/5.3.1             fftw2/openmpi/open64/64/float/2.1.5    mvapich/open64/64/1.2rc1
     26acml/gcc-int64/mp/fma4/5.3.1           fftw3/openmpi/gcc/64/3.3.3             mvapich2/gcc/64/2.0b
     27acml/open64/64/5.3.1                   fftw3/openmpi/open64/64/3.3.3          mvapich2/open64/64/2.0b
     28acml/open64/fma4/5.3.1                 gcc/4.8.2                              netcdf/gcc/64/4.3.1.1
     29acml/open64/mp/64/5.3.1                globalarrays/openmpi/gcc/64/5.3        netcdf/open64/64/4.3.1.1
     30acml/open64/mp/fma4/5.3.1              globalarrays/openmpi/open64/64/5.3     netperf/2.6.0
     31acml/open64-int64/64/5.3.1             hadoop/HAL/Cloudera/2.3.0-cdh5.1.2     open64/4.5.2.1
     32acml/open64-int64/fma4/5.3.1           hdf5/1.6.10                            openblas/dynamic/0.2.8
     33acml/open64-int64/mp/64/5.3.1          hdf5_18/1.8.12                         openmpi/gcc/64/1.8.1
     34acml/open64-int64/mp/fma4/5.3.1        hive/HAL/Cloudera/1.2.0-bin            openmpi/open64/64/1.8.1
     35blacs/mpichge/gcc/64/1.1patch03        hpl/2.1                                pbspro/12.2.1.140292
     36blacs/openmpi/gcc/64/1.1patch03        hwloc/1.8.1                            pig/HAL/Cloudera/0.12.0-cdh5.1.2
     37blacs/openmpi/open64/64/1.1patch03     intel/compiler/64/14.0/2013_sp1.3.174  scalapack/gcc/64/1.8.0
     38blas/gcc/64/1                          intel-cluster-checker/2.1.2            scalapack/open64/64/1.8.0
     39blas/open64/64/1                       intel-cluster-runtime/ia32/3.6         sge/2011.11p1
     40bonnie++/1.97.1                        intel-cluster-runtime/intel64/3.6      slurm/14.03.0
     41cmgui/7.0                              intel-cluster-runtime/mic/3.6          spark/HAL/Cloudera/1.4.0-bin-hadoop2.3
     42cuda60/blas/6.0.37                     intel-tbb-oss/ia32/42_20140601oss      torque/4.2.6.1
     43cuda60/fft/6.0.37                      intel-tbb-oss/intel64/42_20140601oss   tulane/intel-psxe/2015
     44cuda60/nsight/6.0.37                   iozone/3_420
    2045
    2146------------------------------------------------------- /share/apps/modulefiles -------------------------------------------------------
    22 anaconda/2.1.0          gaussian09/d.01         metis/5.1.0             novoalign/3.02.11-mpich samtools/1.1
    23 boost/1.57.0            gcc/4.7.4               mosaik/2.2.3            openmpi/1.8.4           star/2.4.0i
    24 bowtie/1.1.1            hdf5/1.8.14             mpich/3.1.4             parmetis/4.0.3          sundials/2.5.0
    25 bowtie2/2.2.4           hdf5-parallel/1.8.14    ncbi-blast/2.2.30+      petsc/3.4.5             tinker/7.1.2
    26 cmake/3.0.2             idev                    netcdf/4.3.2            petsc/3.5.2             tophat/2.0.13
    27 diamond/0.6.12          intel-psxe/2015-update1 netcdf-cxx4/4.2.1       petsc/3.5.3             vtk/6.1.0
    28 eigen/3.2.4             matlab/r2013b           netcdf-fortran/4.4.1    R/3.1.2
    29 emacs/24.4              matlab/r2015a           novoalign/3.02.11       rsem/1.2.19
     47anaconda/2.1.0             fftw/2.1.5/single          metis/5.1.0                plink/1.07
     48bbcp/amd64_rhel60          fftw/3.3.4                 mosaik/2.2.3               python/2.7.10
     49berkeleygw/1.1-beta2       gcc/4.7.4                  mpich/3.1.4                R/3.1.2
     50boost/1.57.0               git/2.4.1                  ncbi-blast/2.2.30+         rsem/1.2.19
     51bowtie/1.1.1               gnuplot/5.0.1              netcdf/4.3.2               samtools/0.1.19
     52bowtie2/2.2.4              hdf5/1.8.14                netcdf-cxx4/4.2.1          samtools/1.1
     53cmake/3.0.2                hdf5-parallel/1.8.14       netcdf-fortran/4.4.1       star/2.4.0i
     54diamond/0.6.12             ibamr/0.1-rc1              openmpi/1.8.4              sundials/2.5.0
     55eigen/3.2.4                idev                       parmetis/4.0.3             tinker/7.1.2
     56emacs/24.4                 intel-psxe/2015-update1    petsc/3.4.5                tophat/2.0.13
     57espresso/5.1.2             matlab/r2013b              petsc/3.5.2                visit/2.9.2
     58fftw/2.1.5/double(default) matlab/r2015a              petsc/3.5.3                vtk/6.1.0
    3059}}}
    3160
     
    3362This will load the Intel Parallel Studio XE which contains the Intel compiler suite:
    3463
    35 {{{[tulaneID@cypress1 ~]$ module load intel-psxe}}}
     64{{{
     65[tulaneID@cypress1 ~]$ module load intel-psxe
     66}}}
    3667
    3768To unload the same package:
    3869
    39 {{{[tulaneID@cypress1 ~]$ module unload intel-psxe}}}
     70{{{
     71[tulaneID@cypress1 ~]$ module unload intel-psxe
     72}}}
    4073
    4174=== Listing Loaded Modules ===
     
    67100 module load matlab/R2013a
    68101}
    69 if { $HOSTNAME == "login-02-01" } {
     102if { $HOSTNAME == "cypress1.tulane.edu" } {
    70103 module load intel/12.0
    71104 module load openmpi-intel-ib/1.5
    72105}
    73106}}}
    74 
    75 === using $HOME/.bashrc ===
    76 This file can be used to load or to define your own environment during each login if you write the commands on .bashrc. An example looks like this:
    77 
    78 {{{
    79 # LOAD MODULE #
    80 # sets for sphynx
    81 if [ "$HOSTNAME" == "sphynx.ccs.tulane.edu" ] ; then
    82  module load intel/12.1
    83  module load openmpi-intel-ib/1.6
    84  module load matlab/R2013a
    85 fi
    86 # sets for ares
    87 if [ "$HOSTNAME" == "login-02-01" ]; then
    88   module load intel/9.1
    89   module load openmpi-intel-ib/1.5
    90   export MKLROOT="/usr/local/opt/intel/composerxe/mkl"
    91 fi
    92 }}}