Changes between Initial Version and Version 1 of Workshops/IntroToHpc2015/ModuleCommand


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Oct 12, 2015 3:54:36 PM (6 years ago)
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pdejesus
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  • Workshops/IntroToHpc2015/ModuleCommand

    v1 v1  
     1= Program:module =
     2
     3'''module''' is a utility used to manage multiple compilers on a single system, as well as set environment variables for other programs and utilities.
     4
     5=== Available Modules ===
     6The following command will list all available modules.
     7
     8{{{
     9[tulaneID@cypress1 ~]$ module avail
     10
     11-------------------------------------------------------- /cm/local/modulefiles --------------------------------------------------------
     12cluster-tools/7.0                 ipmitool/1.8.13                   openldap
     13cmd                               module-git                        openmpi/gcc/64/1.8.2-mlnx-ofed2
     14dot                               module-info                       shared
     15freeipmi/1.3.4                    mvapich2/gcc/64/2.0rc1-mlnx-ofed2 use.own
     16intel/mic/sdk/3.3                 null                              version
     17
     18------------------------------------------------------- /cm/shared/modulefiles --------------------------------------------------------
     19acml/gcc/64/5.3.1                      cuda60/profiler/6.0.37                 lapack/gcc/64/3.5.0
     20acml/gcc/fma4/5.3.1                    cuda60/toolkit/6.0.37                  lapack/open64/64/3.5.0
     21acml/gcc/mp/64/5.3.1                   default-environment                    mpich/ge/gcc/64/3.1
     22acml/gcc/mp/fma4/5.3.1                 fftw2/openmpi/gcc/64/double/2.1.5      mpich/ge/open64/64/3.1
     23acml/gcc-int64/64/5.3.1                fftw2/openmpi/gcc/64/float/2.1.5       mpiexec/0.84_432
     24acml/gcc-int64/fma4/5.3.1              fftw2/openmpi/open64/64/double/2.1.5   mvapich/gcc/64/1.2rc1
     25acml/gcc-int64/mp/64/5.3.1             fftw2/openmpi/open64/64/float/2.1.5    mvapich/open64/64/1.2rc1
     26acml/gcc-int64/mp/fma4/5.3.1           fftw3/openmpi/gcc/64/3.3.3             mvapich2/gcc/64/2.0b
     27acml/open64/64/5.3.1                   fftw3/openmpi/open64/64/3.3.3          mvapich2/open64/64/2.0b
     28acml/open64/fma4/5.3.1                 gcc/4.8.2                              netcdf/gcc/64/4.3.1.1
     29acml/open64/mp/64/5.3.1                globalarrays/openmpi/gcc/64/5.3        netcdf/open64/64/4.3.1.1
     30acml/open64/mp/fma4/5.3.1              globalarrays/openmpi/open64/64/5.3     netperf/2.6.0
     31acml/open64-int64/64/5.3.1             hadoop/HAL/Cloudera/2.3.0-cdh5.1.2     open64/4.5.2.1
     32acml/open64-int64/fma4/5.3.1           hdf5/1.6.10                            openblas/dynamic/0.2.8
     33acml/open64-int64/mp/64/5.3.1          hdf5_18/1.8.12                         openmpi/gcc/64/1.8.1
     34acml/open64-int64/mp/fma4/5.3.1        hive/HAL/Cloudera/1.2.0-bin            openmpi/open64/64/1.8.1
     35blacs/mpichge/gcc/64/1.1patch03        hpl/2.1                                pbspro/12.2.1.140292
     36blacs/openmpi/gcc/64/1.1patch03        hwloc/1.8.1                            pig/HAL/Cloudera/0.12.0-cdh5.1.2
     37blacs/openmpi/open64/64/1.1patch03     intel/compiler/64/14.0/2013_sp1.3.174  scalapack/gcc/64/1.8.0
     38blas/gcc/64/1                          intel-cluster-checker/2.1.2            scalapack/open64/64/1.8.0
     39blas/open64/64/1                       intel-cluster-runtime/ia32/3.6         sge/2011.11p1
     40bonnie++/1.97.1                        intel-cluster-runtime/intel64/3.6      slurm/14.03.0
     41cmgui/7.0                              intel-cluster-runtime/mic/3.6          spark/HAL/Cloudera/1.4.0-bin-hadoop2.3
     42cuda60/blas/6.0.37                     intel-tbb-oss/ia32/42_20140601oss      torque/4.2.6.1
     43cuda60/fft/6.0.37                      intel-tbb-oss/intel64/42_20140601oss   tulane/intel-psxe/2015
     44cuda60/nsight/6.0.37                   iozone/3_420
     45
     46------------------------------------------------------- /share/apps/modulefiles -------------------------------------------------------
     47anaconda/2.1.0             fftw/2.1.5/single          metis/5.1.0                plink/1.07
     48bbcp/amd64_rhel60          fftw/3.3.4                 mosaik/2.2.3               python/2.7.10
     49berkeleygw/1.1-beta2       gcc/4.7.4                  mpich/3.1.4                R/3.1.2
     50boost/1.57.0               git/2.4.1                  ncbi-blast/2.2.30+         rsem/1.2.19
     51bowtie/1.1.1               gnuplot/5.0.1              netcdf/4.3.2               samtools/0.1.19
     52bowtie2/2.2.4              hdf5/1.8.14                netcdf-cxx4/4.2.1          samtools/1.1
     53cmake/3.0.2                hdf5-parallel/1.8.14       netcdf-fortran/4.4.1       star/2.4.0i
     54diamond/0.6.12             ibamr/0.1-rc1              openmpi/1.8.4              sundials/2.5.0
     55eigen/3.2.4                idev                       parmetis/4.0.3             tinker/7.1.2
     56emacs/24.4                 intel-psxe/2015-update1    petsc/3.4.5                tophat/2.0.13
     57espresso/5.1.2             matlab/r2013b              petsc/3.5.2                visit/2.9.2
     58fftw/2.1.5/double(default) matlab/r2015a              petsc/3.5.3                vtk/6.1.0
     59}}}
     60
     61=== Loading & Unloading Modules ===
     62This will load the Intel Parallel Studio XE which contains the Intel compiler suite:
     63
     64{{{
     65[tulaneID@cypress1 ~]$ module load intel-psxe
     66}}}
     67
     68To unload the same package:
     69
     70{{{
     71[tulaneID@cypress1 ~]$ module unload intel-psxe
     72}}}
     73
     74=== Listing Loaded Modules ===
     75{{{
     76[tulaneID@cypress1 ~]$ module load intel-psxe
     77[tulaneID@cypress1 ~]$ module list
     78Currently Loaded Modulefiles:
     79  1) slurm/14.03.0             2) idev                      3) intel-psxe/2015-update1
     80}}}
     81
     82
     83=== using $HOME/.modulerc ===
     84This file can be used to load or to define your own environment during each login. An example looks like this:
     85
     86{{{
     87#%Module1.0
     88module load matlab/R2013a
     89}}}
     90
     91A .modulerc begins with the magic cookie, '#%Module'. A version number may be placed after this string. The current version is 1.0.
     92
     93If you want to set .modulerc to work for both "sphynx" and "ares", it is better to set like:
     94
     95{{{
     96#%Module1.0
     97if { $HOSTNAME == "sphynx.ccs.tulane.edu" } {
     98 module load intel/12.1
     99 module load openmpi-intel-ib/1.6
     100 module load matlab/R2013a
     101}
     102if { $HOSTNAME == "cypress1" } {
     103 module load intel/12.0
     104 module load openmpi-intel-ib/1.5
     105}
     106}}}
     107
     108=== Next Section ===
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